ショートカット登録がいつの間にか変更されている場合、アイテムBOXで「マイセット呼び出し」を利用していることが考えられます。

各アイテムマイセットには、そのマイセットを登録した時点のショートカット内容も一緒に保存されます。
そのため、アイテムBOXの「マイセット呼び出し」を行った場合、現在のショートカットの登録内容が、そのマイセットを登録した時の内容に上書きされます。

なお、最初から登録されているマイセット1には初期状態のショートカット内容が保存されています。
マイセット1を上書き登録していない場合、マイセット1の呼び出しを行うと、初期状態のショートカット内容に上書きされますのでご注意ください。